招生信息

2017年中科院计算所前瞻实验室生物信息课题组招生启事

有报考意向的学生请发送简历至wanxiaohua@ict.ac.cn,也可联系电话010-62600881。

导师介绍

刘志勇         研究员         博导            计算机算法,体系结构,并行处理,互联网络,生物信息学

张法           副研究员       博导            高性能计算,生物信息学

万晓华        副研究员       硕导            生物信息、高性能计算、图像处理


研究方向

主要有两个研究方向,一个是高效能数据中心的研究,一个是生物大分子显微图像重构的研究。

高效能数据中心

随着大数据和云计算技术的发展,数据中心的数量和规模在不断增长。然而,当前数据中心的资源利用率极低(通常在5%到25%之间),直接导致了巨大的资源浪费,包括计算、存储、通讯等资源、能源、其他辅助性资源的无效使用,不但造成社会资源的极大浪费和环境恶化,也导致数据中心难以持续发展。针对数据中心的效能问题,本课题组研究影响数据中心效能的因素,设计提高数据中心资源利用效率的关键技术,并提高数据中心的总体效能。

我们主要从资源和任务分配调度的角度研究提高数据中心效能的关键技术,包括数据中心多维资源和多任务的多目标优化问题,多租户数据中心的资源优化激励机制与算法设计,多种能源供给的数据中心资源、性能和能效联合优化问题、数据中心网络资源和协议的优化问题。我们的研究旨在为数据中心提供提高效能的关键技术,在保障数据中心性能和服务质量的基础上提高资源利用效率并降低能量消耗。

生物大分子显微图像重构

蛋白质的三维结构和具体的生命活动密切相关,因此蛋白质分子、亚细胞器和细胞等不同层次的结构研究领域将是本世纪生命科学研究中最具有挑战性的前沿核心领域。结构生物学是通过研究生物大分子的结构与运动来阐明生命现象的科学。当前超高分辨荧光显微镜和电子显微成像技术的飞速发展有利地推动了以细胞内分子机器原位动态变化规律为研究内容的结构细胞生物学应用研究,但获得高分辨率的生物大分子三维重构结果仍然面临巨大挑战。

本课题组主要研究冷冻电镜单颗粒、电子断层和超高分辨率重构算法,拟解决生物大分子原子分辨率的问题,有效处理超大规模电镜数据重构问题,旨在提高活细胞定位的时空分辨率,为研究生物大分子的动态变化提供强有力的工具。


科研项目情况

  1. 面向高通量冷冻电镜图像的电子断层重构算法研究,国家自然科学基金,面上项目,2017.01-2020.12
  2. 高效能数据中心 — 数据中心资源的优化组织与调度,国家自然科学基金,国际合作重点项目,2016.1-2020.12
  3. 超并行高效能计算机体系结构与设计方法研究,国家自然科学基金,创新群体基金,2010.1-2012.12,2013.1-2015.12,2016.1-2018.12
  4. 高精度冷冻电镜三维重构算法研究与软件研制, 中国科学院计算技术研究所创新课题, 2016.4-2018.12
  5. 面向大尺度生物图像的高精度三维分子结构重构技术研究,国家自然科学基金,面上项目,2015.1-2018.12
  6. 超大分子复合体的三维重构技术,中国科学院战略性科技先导专项(B类),2014.1-2018.12
  7. 超级计算科学应用研究专项,国家自然科学基金-广东联合基金(第二期),2015.12—2017.12
  8. 面向复杂生物数据处理的高效计算方法,国家自然科学基金重点基金项目,2013.1-2017.12
  9. 面向高分辨的电子断层三维重构算法研究,国家自然科学基金青年基金项目,2013.1-2015.12
  10. 国家自然科学基金十三五信息化规划战略研究, 国家自然科学基金,应急管理项目,2014.8-2015.7
  11. 大规模数据中心的功耗最小化和资源利用最大化,国家自然科学基金委与香港研究资助局联合基金,2012.1-2014.12
  12. Biokepler,美国国家自然科学基金项目,2011.1-2014.12
  13. 绿色网络-降低网络能耗的理论与技术,国家自然科学基金,重大国际合作项目,2011.1-2014.12
  14. 冷冻电镜二维图像处理方法与三维重构研究,中科院知识创新工程重大项目,2008.9-2011.12
  15. 高性能片上存储系统,国家自然科学基金,重点项目,2008.1-2011.12
  16. 需求工程——对复杂系统的软件工程的基础研究,国家973项目,2007.1-2011.12
  17. 生物信息学示范应用,国家自然科学基金重点项目(滚动支持),2010.1-2011.4
  18. 苏州吉玛基因药物科技有限公司联合课题“SiRNA软件设计分析”,2008.1-2010.12
  19. 生物信息学研究和应用,国家自然科学基金重点项目, 2008.9-2009.12
  20. 生物信息学示范应用, 国家自然科学基金重点项目,2006.1-2009.12
  21. 高性能算法设计与分析,国家自然科学基金, 2007.4-2009.3
  22. “蛋白质空间结构的同源建模及其并行化研究”, 国家自然科学基金面上项目,2006.1-2008.12

学生荣誉

樊莉亚,2009年中科院计算所所长特别奖,2010年朱月华奖

王功明, 2011年中科院计算所所长优秀奖

万晓华,2011年中科院计算所所长特别奖,2012年中科院院长优秀奖,2013年入选计算所“学术百星”,2015年入选中科院青年创新促进会

王林,2015年院长优秀奖,2014年中国科学院计算技术研究所夏培肃奖学金,2013年国家奖学金博士奖

韩仁敏,2015年中国科学院计算技术研究所夏培肃奖学金

徐帆,2015年度所长优秀奖

王有识,2015年所长优秀奖学金

陈庾,2014年度曙光硕士生奖


毕业去向

樊莉亚,2010年博士毕业,现就职于IBM。

王功明,2012年博士毕业,现就职于中国科学院生物物理研究所。

万晓华,2012年博士毕业,现就职于中国科学院计算技术研究所。

王林,2015年博士毕业,现就职于TU Darmstadt,Germany。

金锡波,2015年博士毕业,现就职于华为公司。

时阳光,2016年博士毕业,将就职于Technion – Israel Institute of Technology。

韩仁敏,2016年博士毕业,将就职于中汇信息技术上海有限公司。

储琪,2011年硕士毕业,现就职于西澳大学。

侯晨颖,2012年硕士毕业,现就职于LinkedIn。

邹盼,2016年硕士毕业,现就职于猿题库公司。


欢迎加入我们的大家庭

如果你对科研充满了兴趣,我们将提供一个深入了解中科院科研生活的机会,在这里,你可以开拓眼界,和领域内的顶尖人才交流,近距离接触国内外的诸多大牛。我们还提供优越的工作环境,丰厚的待遇,让你既可以潜心科研,又有丰富的课余活动。

我们是一支治学严谨、朝气蓬勃的团队,欢迎有报考意向、成绩优异的计算机、数学等专业背景的学生提前进入实验室实习,课题组优先考虑优秀的学生继续深造。同时,我们也提供大量的实习机会,欢迎具有良好编程能力的学生作为客座学生加入我们这个大家庭!


前瞻实验室概况

中国科学院计算技术研究所(简称计算所)创建于1956年,是中国第一个专门从事计算机科学技术综合性研究的学术机构。前瞻研究实验室成立于2005年 11月,其目标聚焦在计算机科学技术领域和相关交叉学科领域的基础性、前瞻性研究,与国内外研究团队的合作研究,推动计算所在信息技术领域和交叉学科研究 的持续发展;为计算所的长远发展奠定人才基础。

前瞻研究实验室实行“机构开放、人员流动、公平竞争、择优支持、鼓励创新”的运行机制,旨在营造一个“创新、求实、高效、和谐”的研究氛围,倡导“敢为天下先”、勇于开拓、容忍失败 的创新理念,努力把实验室建成知识创新骨干人才的培养基地和基础性、前瞻性计算技术研究的乐园。

新科研综合楼大厅实景

计算所科研楼7层生态舱

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