招生信息

中科院计算所“生物信息课题组”招生信息

有意向的学生请发送简历至renfei@ict.ac.cn,也可联系电话010-62600881。

导师介绍

刘志勇 研究员           博导            计算机算法,体系结构,并行处理,互联网络,生物信息学

张法 副研究员           博导            高性能计算,生物信息学

万晓华 副研究员        硕导            生物信息、高性能计算、图像处理


研究方向

本课题组隶属于中科院计算技术研究所高性能计算机研究中心,主要从事生物医学图像处理和高效能数据中心方面的研究,承担了多项国家自然科学基金重点项目、国际合作重点项目和国家重点研发项目(原973)等重大项目。
在生物显微图像处理方面:
蛋白质的三维结构和具体的生命活动密切相关,因此蛋白质分子、亚细胞器和细胞等不同层次的结构研究领域将是本世纪生命科学研究中最具有挑战性的前沿核心领域。结构生物学是通过研究生物大分子的结构与运动来阐明生命现象的科学。当前超高分辨荧光显微镜和电子显微成像技术的飞速发展有利地推动了以细胞内分子机器原位动态变化规律为研究内容的结构细胞生物学应用研究,但获得高分辨率的生物大分子三维重构结果仍然面临巨大挑战。
在病理图像处理方面:
利用人工智能实现数字病理计算机辅助诊断以期能够进一步提高病理医生诊断的效率与准确性是现阶段数字病理发展的主流趋势。本课题组与资深病理学家通力合作,通过深度学习、高性能计算等手段研究海量病理图像处理,并将整合特殊染色、免疫组织化学、分子检测数据和临床信息,为患者提供预后信息和精准的药物治疗指导。我们的研究旨在将人工智能与领域专家经验相结合,使计算机辅助病理诊断算法更具有可靠性与实用性。
在高效能数据中心方面:
随着大数据和云计算技术的发展,数据中心的数量和规模在不断增长。然而,当前数据中心的资源利用率极低(通常在5%到25%之间),直接导致了巨大的资源浪费,包括计算、存储、通讯等资源、能源、其他辅助性资源的无效使用,不但造成社会资源的极大浪费和环境恶化,也导致数据中心难以持续发展。
针对数据中心的效能问题,本课题组研究影响数据中心效能的因素,设计提高数据中心资源利用效率的关键技术,并提高数据中心的总体效能。 我们主要从资源和任务分配调度的角度研究提高数据中心效能的关键技术,包括数据中心多维资源和多任务的多目标优化问题,多租户数据中心的资源优化激励机制与算法设计,多种能源供给的数据中心资源、性能和能效联合优化问题、数据中心网络资源和协议的优化问题。我们的研究旨在为数据中心提供提高效能的关键技术,在保障数据中心性能和服务质量的基础上提高资源利用效率并降低能量消耗。

科研项目情况

  1. 基于DNA自组装的纳米载药系统研究,国家重点研发计划(中美政府间合作项目),2018-2021
  2. 边缘计算基础理论与关键技术,国家自然科学基金NSFC-DFG(中德)项目, 2018.1—2020.12
  3. 高性能云计算数据中心关键技术与装备,国家重点研发计划, 2017.10 – 2021.9
  4. 蛋白质机器的高分辨率冷冻电镜前沿技术及应用,国家重点研发计划, 2017.7 – 2022.6
  5. 面向典型疾病的高精度生物大分子三维结构研究,国家自然科学基金–广东联合基金,重点项目, 2017.1 – 2020.12
  6. 基于天河二号的生物医学健康大数据应用支撑平台,国家自然科学基金–广东联合基金,重点项目, 2017.1 – 2020.12
  7. 面向高通量冷冻电镜图像的电子断层重构算法研究,国家自然科学基金,面上项目,2017.01-2020.12
  8. 高精度冷冻电镜三维重构算法研究与软件研制, 中国科学院计算技术研究所创新课题, 2016.4-2018.12
  9. 高效能数据中心 — 数据中心资源的优化组织与调度,国家自然科学基金,国际合作重点项目,2016.1-2020.12
  10. 高效能数据中心 – 数据中心资源的优化组织与调度,国家自然科学基金,国际合作重点项目, 2016.1 – 2020.12
  11. 生物显微投影图像的自动对位算法研究,国家自然科学基金,青年基金,2016.1 – 2018.12
  12. 超并行高效能计算机体系结构与设计方法研究,国家自然科学基金,创新群体基金,2010.1-2012.12,2013.1-2015.12,2016.1-2018.12
  13. 超级计算科学应用研究专项,国家自然科学基金-广东联合基金(第二期),2015.12—2017.12
  14. 面向大尺度生物图像的高精度三维分子结构重构技术研究,国家自然科学基金,面上项目,2015.1-2018.12
  15. 国家自然科学基金十三五信息化规划战略研究, 国家自然科学基金,应急管理项目,2014.8-2015.7
  16. 超大分子复合体的三维重构技术,中国科学院战略性科技先导专项(B类),2014.1-2018.12
  17. 面向复杂生物数据处理的高效计算方法,国家自然科学基金重点基金项目,2013.1-2017.12
  18. 面向高分辨的电子断层三维重构算法研究,国家自然科学基金青年基金项目,2013.1-2015.12
  19. 大规模数据中心的功耗最小化和资源利用最大化,国家自然科学基金委与香港研究资助局联合基金,2012.1-2014.12
  20. Biokepler,美国国家自然科学基金项目,2011.1-2014.12
  21. 绿色网络-降低网络能耗的理论与技术,国家自然科学基金,重大国际合作项目,2011.1-2014.12
  22. 生物信息学示范应用,国家自然科学基金重点项目(滚动支持),2010.1-2011.4
  23. 冷冻电镜二维图像处理方法与三维重构研究,中科院知识创新工程重大项目,2008.9-2011.12
  24. 生物信息学研究和应用,国家自然科学基金重点项目, 2008.9-2009.12
  25. 高性能片上存储系统,国家自然科学基金,重点项目,2008.1-2011.12
  26. 苏州吉玛基因药物科技有限公司联合课题“SiRNA软件设计分析”,2008.1-2010.12
  27. 高性能算法设计与分析,国家自然科学基金, 2007.4-2009.3
  28. 需求工程——对复杂系统的软件工程的基础研究,国家973项目,2007.1-2011.12
  29. 生物信息学示范应用, 国家自然科学基金重点项目,2006.1-2009.12
  30. “蛋白质空间结构的同源建模及其并行化研究 国家自然科学基金面上项目,2006.1-2008.12


学生荣誉

樊莉亚,2009年中科院计算所所长特别奖,2010年朱月华奖

王功明, 2011年中科院计算所所长优秀奖

万晓华,2011年中科院计算所所长特别奖,2012年中科院院长优秀奖,2013年入选计算所“学术百星”,2015年入选中科院青年创新促进会

王林,2015年院长优秀奖,2014年中国科学院计算技术研究所夏培肃奖学金,2013年国家奖学金博士奖

韩仁敏,2015年中国科学院计算技术研究所夏培肃奖学金

徐帆,2015年度所长优秀奖,2016年中国科学院计算技术研究所所长特别奖学金

王有识,2015年所长优秀奖学金

陈庾,2014年度曙光硕士生奖


毕业去向

樊莉亚,2010年博士毕业,就职于IBM。

王功明,2012年博士毕业,就职于中国科学院生物物理研究所。

万晓华,2012年博士毕业,就职于中国科学院计算技术研究所。

王林,2015年博士毕业,就职于TU Darmstadt,Germany。

金锡波,2015年博士毕业,就职于华为公司。

时阳光,2016年博士毕业,就职于Technion – Israel Institute of Technology。

韩仁敏,2016年博士毕业,就职于中汇信息技术上海有限公司。

徐帆,2017年博士毕业,就职于普渡大学。

张明哲,2018年博士毕业,就职于中国科学院计算技术研究所。

周碧玉,2018年博士毕业,就职于中国科学院信息工程研究所。

陈庾,2018年博士毕业, 就职于搜狗公司。

储琪,2011年硕士毕业,就职于西澳大学。

侯晨颖,2012年硕士毕业,就职于LinkedIn。

邹盼,2016年硕士毕业,就职于猿题库公司。


欢迎加入我们的大家庭

如果你有一颗热爱科研的心,我们将提供一个深入了解中科院科研生活的机会。在这里,你可以近距离接触国内外的诸多大牛,更有到国外交流访学的机会。在科研之余,我们尊重学生的兴趣爱好,注重全方面发展。

我们是一支治学严谨、朝气蓬勃的团队。欢迎踏实努力、成绩优异,且具有计算机或数学等专业背景的学生提前进入实验室实习,课题组将优先考虑继续深造优秀的学生。同时,我们也提供大量的实习机会,欢迎具有良好编程能力的客座学生加入我们的大家庭!

高性能中心概况

高性能计算机研究中心(High Performance Computer Research Center,原国家智能计算机研究开发中心)成立于1990年3月,成立之初依托在中国科学院计算技术研究所,是为实现国家863高技术计划而组建的研究开发实体,其宗旨是研究和开发我国自主的高性能计算机系统。
地址:北京市海淀区北清路156号  邮编:100095

Be the first to comment

Leave a comment

Your email address will not be published.


*